La storia della Chiesa e poi Parrocchia San Bernardino è costellata di numerosi e importanti avvenimenti, che ricalcano anche le attività e il culto della Confraternita dell'Immacolata Concezione, del Monte di Pietà e dell'Associazione san Francesco da Paola, oltre ai rapporti con l'Ospedale Civile e il COmune di Molfetta.

Questa storia è stata suddivisa in nove capitoli, il cui contenuto è tratto da 3 libri:

- «La Chiesa di S. Bernardino e il Convento degli Zoccolanti. Cinque secoli di inquiete vicende» e «L’erezione della Parrocchia di San Bernardino, la costituzione e la vicenda dell’ente chiesa» dal volume «La parrocchia di san Bernardino. Tra storia e cronaca» (1987, Tipografia Mezzina – a cura di mons. Luigi Michele de Palma);

- «La Chiesa di S. Bernardino in Molfetta. Note storiche raccolte da Mons. Giovanni Capursi» in Biblioteca Santuario San Matteo (1964, Tipografia Angelo Alfonso Mezzina).