Nel corso del «Sacco», dato alla città di Molfetta dai Francesi e dai Veneziani dal 18 al 20 luglio 1529, la chiesa subì un insistente cannoneggiamento con gravi danni all’edificio.
Nell’operetta «La Presa e Sacco della città di Molfetta» lo storico Marinelli, parlandosi delle efferatezze perpetrate, scrive:
«Avriano i nostri in qualche modo tollerate quelle ruine, intrepidamente, ma il veder gittato a terra il convento e chiesa, dicato a S. Francesco d’Assisi e con molta spesa eretta dai loro antenati, non solo in onor del Santo, ma ricevuto ancora da quello, come vogliono per sua stanza quando viveva, e di là la chiesa e il luogo di S. Bernardino da Siena, locato su quel terreno, pochi anni dopo sua morte, come avuto dicono per abitazione del Santo, li fu peggior del sacco e di mille morti, perché erano quei luoghi continua gioia dell’animi loro e dove si racconsolavano delle disavventure con le preghiere fatte a quei santi, come coi più cari e se quelle chiese e monasteri sono oggi risorti con le limosine dei particolari e del Comune e con le entrate loro con molta diligenza e cura dei frati, appaiono in quei luoghi e nel borgo stesso le vestigia della ruina»
LA DEMOLIZIONE DELLA CAPPELLA DI SAN ROCCO
Secondo un’altra fonte (Archivio Capitolare mss. Formazione del Catasto del 1752-1770), nella stessa chiesa di San Bernardino fu demolita in quella circostanza la cappella dedicata a San Rocco.
Lo storico Gaetano De Luca afferma che l’altare in legno intagliato e dorato della nona cappella di proprietà dei De Luca fu abbattuto, perché le fabbriche di ponente della chiesa furono fatte crollare nel 1529 dal bombardamento portato dai francesi all’abitato di Molfetta.
Questo altare fu ricostruito in pietra nel 1635, come appare in una iscrizione (oggi quasi nascosta su un muro della chiesa, alla sinistra dell’Altare della Madonna del Soccorso):
D. O. M.
SAC[ELLUM] HOC A PIRROVIRO PATRITIO
EX NOBILE AB U[M]BRIA LUCORUM CENERE ERECTUM
QUOD OLIM TE[M]PORIS VETUSTATE
BELLIQ[UE] INIURIA DIRUTUM (u)
PIRRUS IACOBUS AC IO[ANNES] PETRUS DE LUCA
CLARI NEPOTES INNOVARU[N]T
NOVIS IAM LAPIDIBUS EXPOLITU[M]
IULIUS AC MARCELLUS DE LUCA PATRUUS AC NEPOS
SIBI AC SUIS FIERI FEC.
A. D. MDCXXLV
IL RESTAURO DELLA FACCIATA
Come doveva essere testimoniato da una formella in pietra incastonata nella facciata della chiesa al di sopra del portale (oggi perduta, probabilmente a seguito dei restauri degli anni ’70 e ’80), nel 1585, a spese dell’Università e con le offerte di alcuni fedeli, fu eseguito il restauro della facciata e la ricostruzione delle parti distrutte.
IL CORO LIGNEO E L'ORGANO
Con le offerte dei fedeli furono successivamente realizzati anche il coro in legno, del secolo XVI, dietro l’altare maggiore, e nel secolo XVII l’organo, il più antico attualmente esistente a Molfetta, costruito dal napoletano F. Tonno e restaurato poi da F. Rubino nel 1767.
EREZIONI DI ALTARI E CAPPELLE
Grazie alle oblazioni di alcune famiglie nobili locali (Moscati, Passati, Nesta, Gadaleta, Filioli, Effrem, De Luca, Lepore, Tattoli) furono eretti altari e cappelle, tutti con diritto di patronato.
Nella storia della chiesa di S. Bernardino assume una particolare importanza l’altare dedicato a San Francesco da Paola, quinto da sinistra, con diritto di patronato della famiglia Uva, trasferito alla famiglia Vista nel 1821 e da questa poi ceduto all’associazione di San Francesco da Paola nel 1866.
Altrettanta importanza ha l’altare dedicato all’Immacolata Concezione, terzo da sinistra, con patronato della famiglia Nesta, ceduto alla Confraternita dell'Immacolata nel 1751.
