Nel secolo XVII, per iniziativa dei Frati Osservanti, nella chiesa di San Bernardino era stata costituita la Confraternita dell’Immacolata Concezione, formata prevalentemente da agricoltori. La Confraternita fu riconosciuta dal Vescovo di Molfetta G. Antonio Bovio il 26 maggio 1613 e nel secolo successivo ottenne l’assenso regio al proprio statuto con decreto del 31 marzo 1766.
GLI SCOPI DELLA CONFRATERNITA
Essa aveva scopi di culto, di beneficenza e di assistenza ai soci. Con le elemosine raccolte, ogni anno assegnava a quattro orfane povere, in occasione del loro matrimonio, altrettante doti di 6 ducati ciascuna.
Inoltre, erogava sussidi ai confratelli ammalati e divenuti inabili al lavoro, e fino al Settecento svolse anche un’attività creditizia a favore dei piccoli agricoltori.
Col passare degli anni, essa si sviluppò sempre più e, con i lasciti e le offerte, si costituì un cospicuo patrimonio, tanto da divenire la più ricca confraternita di Molfetta nel Settecento.
LA COSTRUZIONE DELL'ORATORIO
Nel 1748 la Confraternita ottenne dai Frati Osservanti il permesso di costruire il proprio oratorio su un terreno attiguo al chiostro del convento, sul lato sud di questo.
Fu posta, però, la condizione che, se in seguito essa avesse per qualunque motivo lasciato la chiesa, l’oratorio sarebbe stato considerato come fabbrica incorporata al convento ed essa non avrebbe potuto pretendere nulla a titolo di compensazione.
LA CONFRATERNITA E LA CHIESA
Quest’ultimo particolare, che per sé può apparire superfluo, assume importanza in relazione ad una controversia sorta nel 1892 tra questa Confraternita e l’Amministrazione dell’ospedale civile di Molfetta. I Frati Osservanti conservarono il possesso del convento e della chiesa fino al luglio 1811.
Nel 1806 l’esercito francese aveva invaso il regno di Napoli e vi aveva instaurato un governo militare diretto da Giuseppe Bonaparte. Con decreto di Gioacchino Murat del 7 agosto 1809, la cui esecuzione fu poi rinviata al 1811, venivano soppressi gli ordini religiosi possidenti ed i loro beni venivano annessi al Demanio regio. Conseguentemente, la casa religiosa dei Frati Minori Osservanti di Molfetta fu soppressa il 31 luglio 1811 ed i Frati lasciarono i locali del convento e la chiesa di San Bernardino e furono destinati al convento di Ruvo.
Gli Osservanti sarebbero poi ritornati a Molfetta il 26 aprile 1829 per decisione del Vescovo Filippo Giudice Caracciolo, che nel 1828 destinò a sede del loro convento la sua residenza estiva presso la Chiesa della Madonna dei Martiri.
Il 18 ottobre 1811 il Sindaco di Molfetta, Ignazio Sigismondo, consegnava, per l’esercizio del culto, la chiesa di San Bernardino e gli oggetti sacri in essa custoditi al priore della Confraternita dell’Immacolata, mentre quest’ultima si impegnava ad erogare tutte le spese necessarie per la manutenzione della chiesa.
Dopo l’allontanamento degli Osservanti, nella chiesa di San Bernardino il culto continuò ad essere esercitato dalla Confraternita dell’Immacolata Concezione per mezzo dei propri padri spirituali.
Tale incarico dal 1811 al 1813 fu ricoperto dall’ex padre osservante Nicola La Candia. Il decreto del 1809 aveva stabilito che «I Religiosi degli Ordini soppressi […] il dì 15 ottobre prossimo usciranno dai monasteri e deporranno l’abito dell’Ordine. I sacerdoti e gli altri ordinati in sacris vestiranno l’abito dei preti, formeranno parte del clero secolare, e potranno concorrere […] a qualunque carica ecclesiastica».
Dopo il 1813 alla chiesa fu assegnato un Rettore con l’incarico anche di somministrare i sacramenti agli ammalati moribondi ricoverati nell’Ospedale, che nel frattempo era stato trasferito nei locali dell’ex convento.
Infatti, in virtù del Decreto del 1809 i locali dell’ex convento degli Osservanti passavano in proprietà del Demanio Regio e venivano messi sotto la custodia del Sindaco, che ne rimaneva responsabile finché il Sovrano non ne avesse deciso la destinazione. I locali del convento rimasero temporaneamente disabitati e soltanto nel 1813 furono destinati ad uso di ospedale civile.